Fakultas Kehutanan UGM dipimpin oleh seorang Dekan, yang dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh tiga Wakil Dekan, yaitu: Wakil Dekan Bidang Akademik dan Penjaminan Mutu; Wakil Dekan Bidang Administrasi, Keuangan dan Sumberdaya Manusia serta Wakil Dekan Bidang Penelitian, Kemahasiswaan, Kerjasama dan Hubungan Alumni. Dekan dan Wakil Dekan diangkat dan diberhentikan oleh Rektor berdasarkan usul Senat Fakultas.