Fakultas Kehutanan UGM mempunyai satu Program Studi Strata-1 yaitu Program Studi Kehutanan, dan mempunyai empat Departemen yaitu : Manajemen Hutan, Silvikultur, Teknologi Hasil Hutan, dan Konservasi Sumberdaya Hutan. Organisasi Departemen terdiri atas : Ketua Departemen, Sekretaris Departemen, Para Dosen, Staff Administrasi / Staff Kependidikan, dan Laboratoran. Ketua dan Sekretaris bagian diangkat dan diberhentikan oleh Rektor atas usul Dekan berdasarkan pertimbangan Senat Fakultas. Ketua dan Sekretaris Departemen bertanggung jawab kepada Dekan.
Berdasarkan SK Directur Jenderal Pendidikan Tinggi, SK Dirjen DIKTI No.163/Dikti/Kep/2007 tentang pengaturan program studi dan Surat Kepututsan Rektor No. 89/P/SK/HT/2010 tanggal 1 Februari 2010 mensahkan perubahan ke empat program studi di Fakultas Kehutanan menjadi satu dengan nama Program Studi Kehutanan. Program Studi Kehutanan diampu dan dikelola oleh fakultas dengan dukungan dari ke empat bagian. Spesifikasi masing – masing bagian adalah sebagai berikut :
- Departemen Manajemen Hutan menyajikan dan mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi bidang manajemen hutan serta menyiapkan sumber daya manusia yang berintegritas, bermoral dan memiliki kemampuan akademik secara professional dalam pengelolaan ekosistem hutan yang lestari bagi kesejahteraan rakyat
- Departemen Silvikultur menyajikan dan mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi pembangunan dan rehabilitasi hutan yang mampu berperan aktif dalam meningkatkan produktivitas dan manfaat sumberdaya hutan untuk kesejahteraan masyarakat
- Departemen Teknologi Hasil Hutan menyajikan dan mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi yang mampu mengelola dan mengolah hasil hutan kayu dan non-kayu dengan efisien untuk kesejahteraan umat manusia secara luas
- Departemen Konservasi Sumberdaya Hutan menyajikan dan mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi bidang konservasi ekosistem hutan. Perhatian difokuskan pada penyelamatan, perlindungan, pengelolaan dan pemanfaatan sumberdaya hutan secara bijaksana untuk kelestarian sumberdaya hutan sebagai penyangga kehidupan secara berkelanjutan